相對定量常用于測定兩個不同樣品中靶基因量的差異，例如使用實時RT-PCR法定量檢測mRNA水平的實驗。

進行相對定量實驗分析兩個不同樣品的實驗數(shù)據(jù)時，需要對數(shù)據(jù)進行歸一化處理，設(shè)置其中一個樣品的靶基因表達量為“1"。這個樣品稱為校準(zhǔn)品，常使用表達恒定的內(nèi)參基因。

通常，校準(zhǔn)品歸一化后，待測樣品靶基因表達量以比“1"增加或降低n倍來表示，來顯示表達量的差異。

值得注意的是，實驗必須從等量原料中取得校準(zhǔn)品和待測樣品的靶基因，否則比較無意義。

與絕對定量相比，相對定量實驗優(yōu)點在于內(nèi)參基因的使用，能規(guī)避實驗操作產(chǎn)生的差異，而且不需要制作標(biāo)準(zhǔn)曲線。